Nach seiner Entführung aus Grabungsstätten in Mexiko durch russische Streitkräfte findet sich Dr. Henry Jones Jr. zusammen mit seinem Freund Mac an Hangar 51 in Roswell, New Mexico wieder, wo er der sowjetischen Befehlshaberin Irina Spalko, einer ukrainischen Spezialistin für Parapsychologie, eine Kiste wiederbeschaffen soll, die er dort selbst mit anderen vor zehn Jahren deponiert hat. Nachdem er die aussergewöhnlichen magnetischen Eigenshaften des Inhalts zu deren Aufspüren verwendet hat kommt darin kurz ein seltsamer Leichnam zum Vorschein. Sein Freund Mac verrät Indy schliesslich, als beide die Situation zu ihren Gunsten wenden können und es beginnt die erste Verfolgungsjagd des Films - Indy flüchtet vor den Soldaten und endet auf einem Bodentestfahrzeug mit Raketenantrieb, nur um kurz darauf in einer Modellstadt einem nuklearen Countdown entgegenzusehen, dem er auf ebenso spektakuläre wie total unglaubwürdige, aber lustige Weise entkommt. Schliesslich wird er zunächst selbst für einen Commie gehalten, erfährt dann jedoch wer seine Entführer waren. Zurück am College wird er entlassen und will sich auf den Weg nach London machen, wird am Bahnhof jedoch von einem jungen Draufgänger aufgehalten, der behauptet ein alter Freund Indys hätte einen Kristallschädel gefunden.
Kurz darauf ist klar, dass Indy nach Südamerika muss, um den entführten Freund und die Mutter des Jungen wiederzufinden. Verfolgungsjagd Nr. 2 geht durch den gesamten Ort, samt College-Bibliothek und endet schliesslich in Nasca, Ort der berühmten Geoglyphen vom Nascaplateau. Auf den Spuren von Professor Oxley finden sie dessen Hinweise, Ergebnisse scheinbarer Verrücktheit, und finden schliesslich die letzte Ruhestätte einiger spanischer Eroberer und den von Oxley dorthin zurückgebrachten Kristallschädel. Kurz darauf treten die Russen wieder auf den Plan und Irina bringt etwas Licht in die gesamte Geschichte, denn offenbar haben tatsächlich nichtmenschliche Wesen im Amazonasgebiet eine Hochkultur aufgebaut und der Schädel wurde aus der "Stadt aus Gold" - El Dorado - entwendet und muss zurückgebracht werden. Nach der verrücktesten und längsten und materialgeschlachtigsten Verfolgungsjagd Nr. 3 durch den Dschungel am Amazonas - Riesenameisen und 3x Wasserfall inklusive - landen unsere Helden schliesslich in der Stadt und müssen nochmals vor der einheimischen Bevölkerung fliehen, die von ihren Verfolgern niedergemetzelt werden. Nach diversen Aufgaben und Geheimgängen findet Indy schliesslich heraus, was diese Wesen sind: Archäologen. Sie sammelten Kulturgüter aus allen Kulturen der Welt konnten jedoch nie ihre Heimreise antreten. Schliesslich landet der Kopf auf dem dazugehörgen Rumpf und dat wirklich Verrückte geht los. Die Lehrmeister sind nicht aus einer anderen Welt sondern einer anderen Dimension, so dass die vorhanden mehreren Kristallsekeltte zu einem Wesen verschmelzen, dass Irina - die alles wissen will - mit genau dem komplett überlädt und sie somit sprichwörtlich ihr Gehirn ausbrennt. Indy & Crew fliehen aus den einstürzenden Altbauten und können mit ansehen wie ein schniekes rundes 60er-Jahre-Silber-UFO die Stadt zerlegt, verschwindibus macht und amazonaswasser das ganze Tal unter sich begräbt. Schliesslich heiratet Indy die Schnecke aus Teil 1 noch und ach ja, der junge Kerl is sein Sohn.
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